其中属国家一类保护树种有香果树、金钱松（世界四大名松之一）、黄山松（黄特有）、黄山杜鹃、黄山木兰、望春花、天女花、黄山蔷薇、青钱柳、凹叶厚朴；有我国特有的黄杉、南方铁杉、银雀树；有孓遗植物银杏、猫耳屎、马挂木等在众多的植物中，黄山松分布最广，数量最多，形态最奇，是黄山的一大奇观。著名的有迎客松、送客松、陪客松、蒲团松、黑虎松、接引松、麒麟松、双龙松团结松、连理松等。黄山古树名木众多，以古、大、珍、奇、多著称于世。如百以上的黄山松，数以万计。

　　在丰富的黄山原生植物种质资源中，有石斛等10个物种属濒临灭绝物种，6种为中特有种，黄山特有2种，首次在黄山发现或以黄山命名的植物28种。

　　黄山丰富的原生植物种质资源，有着极高的科学研究价值，比如它们的生存环境，生长条件，原始结构其保护等都是重大的研究课题。

黄山是野生动物栖息和繁衍的理想场所，拥有众多的野生动物资源。据1983年的系统调查显示，山中有野生动物资源550余种： 鱼类24种、鸟类170种、 两栖类20种、 爬行类38种、禽类48种。

　　黄山风景区野生动物有着明显的区域分布和垂直分布的特性；在这些野生动物中，观赏鸟类占有较大比例。一类保护野生动物的有梅花鹿；属二类保护的野生动物有白鹤、猕猴（黄猴）、青猴等；三类保护的野生动物有白鹇、穿山甲、大灵猫、苏门羚（俗称四不象）、云豹、黑熊等；珍贵的鸟有棕嗓鹛（俗称八音鸟）、红咀相思鸟、四类杜鹃、红翅凤头鹃、白胸翡翠、蓝翡翠、白鹭、绿啄木鸟、松鸦等此外，鸟类中有很大一部分以害虫为食，是保护林木的益鸟。研究动物生态在黄山风景区生态系统中的作用及两者的关系，对维护生态平衡和保护动物，有着十分重要的科学价值。

1955年以前，黄山森林覆盖率为75%，由于燃料结构的不合理和盲目砍伐，至1979年森林覆盖率下降为56%，自加入世界文化和自然遗产名录以来，黄山加大了资源保护和管理力度，通过改善燃料结构，封山育林等措施，使现在的森林覆盖率达到了83.4%，植被覆盖率上升到93.6%。

黄山是一个令人羡慕的天然大氧吧，空气清新甜美。
空气质量优于国家CB3099-96I级标准。
区域噪声符合国家CB3096-93O类标准。
地表水质优于国家CHZB1-1999 1类标准。
生活饮用水符合国家CB5749-85标准。
黄山在安徽省国家级风景名胜区环境保护管理定量考核中连续六年(1997年-2002年)蝉联第一。
在全国监测的355个城市中，空气质量达一级标准。